انتقل الى الامجاد السماوية نيافة الحبر الجليل الانبا ياكوبوس اسقف الزقازيق و منيا القمح يوم الاربعاء الموافق 19/11/2008 فى تمام الساعة الرابعة عصرا و قد تمت صلاة الجنازة على روحة الطاهرة يوم الجمعة 21/11/2008 و قد رأس الصلاة قداسة البابا شنودة الثالث بابا الاسكندرية و بطريرك الكرازة المرقسية بكنيسة العذراء مريم و ماريوحنا الحبيب بالزقازيق و قد حضر الجنازة لفيف من الاباء الاساقفة و المطارنة من جميع انحاء مصر و العالم كما حضر لفيف من السادة الوزراء و كبار الدولة و ممثلى السفارات و القنصليات و اعضاء مجلسى الشعب و الشورى .
و قد القى العظة قداسة البابا شنودة و اعرب فيها عن انجازات المتنيح انبا ياكوبوس و عظمة العلاقة بينه و بين الجميع و قد بكى قداسة البابا اثناء العظة لتأثرة بحبيبه المنتقل انبا ياكوبوس ... سوف تذاع الجنازة غدا السبت 22/11/2008 على قناة ctv من الساعة التاسعة صباحا و ستوالى عرضها اكثر من مرة ...
اطلب من الرب عنا يا قديسنا الانبا ياكوبوس لكى ما يتحنن علينا الرب و يغفر لنا خطايانا ...
نطلب الى الرب ان يعوضنا براعى يدبر امور كنيستنا و يكون بمثل حكمتك و محبتك لكل ابنائك